Enquête sur les infections à coronavirus (COVID-19), analyse précoce des caractéristiques associées à la variante Omicron parmi les infections à Covid-19, Royaume-Uni : 21 décembre 2021

Enquête sur les infections à coronavirus (COVID-19), analyse précoce des caractéristiques associées à la variante Omicron parmi les infections à Covid-19, Royaume-Uni : 21 décembre 2021

Aujourd’hui, nous avons publié quelques premiers résultats de l’enquête sur les infections à coronavirus (COVID-19) montrant les caractéristiques des personnes les plus susceptibles d’être infectées par la variante Omicron par rapport à la variante Delta. Ces premiers résultats sont basés sur les données de la première quinzaine qui ont suffisamment de cas pour une analyse sur la variante Omicron, la prudence est donc recommandée. Une analyse plus complète basée sur plus de données de notre enquête sera publiée lorsqu’elle sera disponible.

Les cas compatibles avec la variante Omicron sont caractérisés par l’absence du gène S sur un test positif, qui est l’un des trois gènes détectés par un test PCR (les autres étant OR et N), et une charge virale élevée. Les cas avec une charge virale élevée et un gène S absent sont caractérisés dans cette analyse comme un cas potentiel Omicron. Tous les autres cas sont susceptibles d’être des cas de la variante Delta ou de ses descendants génétiques.

La publication des données d’aujourd’hui est disponible.

Cette analyse évalue les caractéristiques de ceux qui ont été testés comme fortement positifs (valeur de seuil de cycle (Ct) <30) entre le 29 novembre 2021 et le 12 décembre 2021 et ont eu des résultats compatibles avec la variante Omicron. Les résultats non compatibles avec Omicron sont des cas présumés Delta. Ces effets montrent la probabilité relative d’avoir un résultat compatible avec Omicron par rapport au groupe de référence pour chaque caractéristique étudiée.

Il y a 1 701 individus positifs inclus dans l’analyse, dont 115 testés positifs compatibles avec Omicron. Voir note en fin de document pour la définition de « compatible avec Omicron » et « compatible avec Delta ».

Le modèle utilise un processus similaire à nos prédicteurs habituels d’analyse de positivité, publiés régulièrement dans nos Caractéristiques des personnes testées positives . Cependant, seuls les individus dont le test est fortement positif (Ct<30) sont inclus, car des résultats positifs plus faibles de la variante Delta pourraient être identifiés comme compatibles avec Omicron. Le modèle identifie la probabilité que ces individus aient des résultats positifs compatibles avec Omicron.

Points principaux:

  • Âge : par rapport aux autres âges, les jeunes enfants testés positifs pour le coronavirus (COVID-19) sont moins susceptibles d’avoir des infections compatibles avec la variante Omicron. Cependant, les personnes âgées de 20 à 30 ans atteintes de COVID-19 sont plus susceptibles d’avoir des infections compatibles avec la variante Omicron.

  • Privation : les personnes infectées par COVID-19 qui vivent dans des zones plus défavorisées sont plus susceptibles d’être testées positives avec des infections compatibles avec la variante Omicron.

  • Urbain : les personnes infectées par COVID-19 et vivant dans les grandes zones urbaines et les villes ou villages urbains sont plus susceptibles d’être testées positives avec des infections compatibles avec la variante Omicron par rapport à celles vivant dans les zones rurales.

  • Origine ethnique : certaines preuves suggèrent que les personnes testées positives pour COVID-19 et déclarant appartenir à des minorités ethniques sont plus susceptibles d’être testées positives avec des infections compatibles avec la variante Omicron par rapport à celles qui s’identifient comme blanches.

  • Voyager à l’étranger : ceux qui ont voyagé à l’étranger au cours des 28 derniers jours et testés positifs pour COVID-19 sont plus susceptibles d’être testés positifs pour des infections compatibles avec la variante Omicron que ceux qui n’ont pas voyagé.

  • Réinfection : ceux qui ont déjà été infectés par COVID-19 et qui sont réinfectés sont plus susceptibles d’être testés positifs pour une infection compatible avec la variante Omicron, par rapport à ceux qui sont testés positifs avec leurs premières infections.

  • Statut vaccinal : ceux qui ont reçu trois doses d’un vaccin et testés positifs pour COVID-19 sont plus susceptibles d’être infectés par des infections compatibles avec la variante Omicron par rapport à ceux qui ne sont pas vaccinés, bien que les individus qui avaient reçu au moins une dose d’un Le vaccin COVID-19 a continué d’être moins susceptible de se révéler positif pour COVID-19, quelle que soit la variante. Il est trop tôt pour tirer des conclusions de nos données sur l’efficacité des vaccins contre la variante Omicron.

Plus d’informations :

L’analyse est basée uniquement sur les individus testés positifs avec une charge virale élevée (Ct < 30) et ayant un profil génétique OR + N, OR + N + S, OR + S ou N + S.

Étant donné que le gène S n’est pas détecté dans les cas fortement positifs infectés par le variant Omicron, ceux avec le modèle génétique OR + N sont définis comme étant compatibles avec le variant Omicron, et les modèles génétiques OR + N + S, OR + S et N + S sont définis comme étant compatibles avec Delta.

Il est possible que certains cas OR + N ne soient pas Omicron car certains gènes peuvent ne pas être détectés (par exemple, des infections Delta plus faibles) ; cependant, limiter l’analyse aux cas avec une charge virale élevée devrait minimiser cela. Certains cas OR + N + S, OR + S et N + S peuvent ne pas être Delta, car d’autres variantes peuvent circuler en petit nombre, mais le séquençage suggère que la majorité (> 99 %) de ces cas seront Delta.

Tous les cas avec une faible charge virale ou avec des profils génétiques différents ne sont pas inclus dans l’analyse.

Tous les résultats s’ajustent à tous les autres facteurs du modèle, comme décrit dans nos Caractéristiques des personnes testées positives .

Source : https://www.ons.gov.uk/news/statementsandletters/coronaviruscovid19infectionsurveyearlyanalysisofcharacteristicsassociatedwiththeomicronvariantamongcovid19infectionsuk20december2021