Épidémie nosocomiale causée par le variant SARS-CoV-2 Delta dans une population hautement vaccinée, Israël, juillet 2021

Israël a été l’un des premiers pays à atteindre un niveau élevé de vaccination complète avec le vaccin Comirnaty (ARNm BNT162b2, BioNTech-Pfizer, Mayence, Allemagne/New York, États-Unis (États-Unis)) contre le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS- CoV-2). De mai à mi-juin 2021, avec plus de 55 % de la population entièrement vaccinée, les nouveaux cas ont diminué à moins de deux cas par million, sans restrictions sociales, indiquant une efficacité vaccinale très élevée [ 1 , 2 ]. Depuis la mi-juin, une forte augmentation des cas a été observée, attribuée à la variante SARS-CoV-2 Delta (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak (Pango) lineage design B.1.617.2 et AY.* sublineages), qui par mi-juillet constituaient plus de 95 % des isolats de virus séquencés en Israël [ 3]. Cette variante a été évaluée comme ayant une transmissibilité plus élevée que la variante Alpha (sous-lignées B.1.1.7 et Q.*) [ 4 ].

Nous présentons une enquête sur une épidémie de maladie à coronavirus (COVID-19) qui a commencé chez un patient COVID-19 non identifié, avec une propagation nosocomiale rapide et étendue parmi les vaccinés, y compris les personnes portant des masques chirurgicaux.

Enquête sur l’éclosion

Le centre médical Meir dispose de 780 lits, la plupart des chambres accueillent trois à quatre patients, distantes de 1 m avec des rideaux de séparation entre les lits. Depuis mars 2020, les patients sont encouragés à porter des masques chirurgicaux. Bien que l’utilisation soit incohérente, elle a été appliquée lors des rencontres patient-personnel des deux côtés. Dans le service dédié au COVID-19, des membres du personnel dévoués ont travaillé avec un équipement de protection individuelle (EPI) complet : masque N-95, écran facial, blouse, gants et couvre-cheveux.

Le cas index était un patient hémodialysé entièrement vacciné dans la soixantaine. Ils ont été admis dans le service A à la mi-juillet avec de la fièvre et de la toux et placés dans une chambre avec trois autres patients. Le jour de l’admission, le cas index n’a pas été testé pour le SRAS-CoV-2, car leurs symptômes ont été confondus avec une éventuelle infection du sang exacerbant une insuffisance cardiaque congestive. Pendant leur séjour, le cas index et un colocataire ont été dialysés tous les deux jours dans l’unité de dialyse. Quatre jours après l’admission, le cas index a été diagnostiqué avec COVID-19 par PCR pour le gène SARS-CoV-2 E avec une valeur de cycle quantitatif (Cq) de 13,59 ; le cas a donc été transféré dans une unité dédiée au COVID-19 du quartier B. Le même jour, les trois colocataires de ce cas du quartier A ont été dépistés pour le SRAS-CoV-2 et testés positifs et ont été transférés dans le service dédié ou déchargé.

L’enquête sur les contacts a inclus le service A, l’unité de dialyse (contacts du cas index) et le service C après un séjour d’un jour du cas 1. Cette enquête a révélé un total de 27 cas de COVID-19 par PCR SARS-CoV-2 : 16 patients, y compris le cas index, neuf membres du personnel et deux membres de la famille.

Les cas diagnostiqués COVID-19 ont été transférés le jour de leur diagnostic vers une unité COVID-19 du service B, qui fonctionnait comme un service mixte en raison du petit nombre de patients COVID-19 dans notre hôpital à l’époque. La moitié du service était dédiée aux patients COVID-19, avec un personnel dédié en EPI complet, tandis que la moitié restait un service régulier. Le cas index a été traité le jour du transfert par un agent de santé (HCW) qui s’était remis de COVID-19 un an plus tôt et a été vacciné une fois, conformément aux directives israéliennes [ 5]. Trois jours après le jour du transfert, ce TS s’est rendu dans une chambre du service régulier avec trois patients dont deux ont développé des symptômes compatibles avec COVID-19 2 jours plus tard et ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2. L’enquête sur les contacts dans le service B a identifié un total de 19 cas de COVID-19 par PCR SARS-CoV-2 : 10 membres du personnel, y compris le travailleur de la santé susmentionné, huit patients, dont les trois ci-dessus, et un membre de la famille.

Le taux d’attaque calculé chez tous les patients et personnels exposés était de 10,6% (16/151) pour le personnel et de 23,7% (23/97) pour les patients, dans une population avec un taux de vaccination de 96,2% (238 vaccinés/248 individus exposés).

Séquençage et analyse

La séquence et les données des patients ont été obtenues via le séquençage du Consortium national israélien du SRAS-CoV-2. Les fichiers FASTQ ont été traités, mappés sur le génome de référence (NC_045512.2) et construits des séquences consensus FASTA comme décrit précédemment [ 6 ]. Toutes les données de séquence ont été déposées et sont disponibles dans GISAID [ 7 ]. Des arbres phylogénétiques ont été construits à l’aide du pipeline Augur de NextStrain et visualisés avec auspice [ 8 ].

Nous avons effectué une analyse phylogénétique sur les séquences du SRAS-CoV-2 du génome entier qui étaient disponibles pour 12 cas dans cette épidémie, y compris le personnel et les patients des services A, B et C et des services de dialyse ( Figure ). Tous étaient infectés par la variante Delta et épidémiologiquement et phylogénétiquement liés à la même épidémie, à l’exception du cas 11 de la salle C. Le cas 11 et trois membres du personnel identifiés dans la salle C n’ont pas été considérés comme faisant partie de cette épidémie. Les trois membres du personnel du service C ont été exposés à la fois au cas 1 et au cas 11 et, par conséquent, la source de leur infection n’a pas pu être vérifiée.

image of Figure
Chiffre . Arbre phylogénétique basé sur le génome entier des isolats du delta du SRAS-CoV-2, épidémie nosocomiale, Israël, juillet 2021 (n = 12)

L’arbre a été construit à l’aide du pipeline Augur de Nextstrain et visualisé avec Auspice [ 8 ]. Les chiffres représentent la numérotation des patients utilisée dans le texte manuscrit et le tableau.

Informations démographiques et cliniques

Sur les 42 cas diagnostiqués dans cette éclosion, 38 ont été complètement vaccinés avec deux doses du vaccin Comirnaty, un a été récupéré avec une vaccination et trois n’ont pas été vaccinés. L’âge médian était de 55 ans (intervalle interquartile (IQR) : 36–77,5) et 24 étaient des femmes. Vingt-trois étaient des patients, 16 membres du personnel et trois membres de la famille. Le délai médian entre la deuxième dose de vaccin et la percée de l’infection était de 177 jours (plage de 111 à 194). Le jour du diagnostic, seuls 24 individus étaient symptomatiques, mais dans les jours suivants, 36 étaient devenus symptomatiques. Tout le personnel (âge médian : 33 ans ; fourchette : 22-48) est resté asymptomatique ou avec une maladie bénigne. Parmi les patients (âge médian : 77 ans ; intervalle : 42-93 ; délai médian entre la deuxième dose de vaccin et l’infection : 176 jours ; intervalle : 143-188), huit sont devenus gravement malades, six gravement malades et cinq des patients gravement malades sont décédés (tableau ). La population de patients était considérablement plus âgée que le personnel et tous les patients présentaient des comorbidités : diabète sucré (n = 9), hypertension (n = 16), cardiopathie ischémique (n = 12), insuffisance cardiaque congestive (n = 7), démence (n = 5), indice de masse corporelle > 30 (n = 8), insuffisance rénale chronique (n = 11) dont six dialysés. Huit patients étaient immunodéprimés.

Tableau . Données de cas, épidémie nosocomiale de COVID-19, Israël, juillet 2021 (n = 23)

CasTranche d’âge (années)Écart (jours) entre le vaccin et le diagnosticCqSévérité maximale de la maladie COVID-19Décédés
Indice70-7916913,6CritiqueOui
180-8917215CritiqueOui
250-5917518SévèreNon
360-6917617.6SévèreNon
480-8918120,5SévèreNon
640-4914315ModérerNon
770-7918216CritiqueOui
950-59Non vacciné24DouxNon
dix80-8917128SévèreNon
N / A60-6916818,5SévèreNon
N / A70-7918236DouxNon
N / A80-8917731,8SévèreNon
N / A70-7918722CritiqueNon
N / A70-7918414SévèreNon
N / A80-8918621AsymptomatiqueNon
N / A90-9917318CritiqueOui
N / A70-7917438SévèreNon
N / A70-79176N / ADouxNon
N / A90-99176N / ACritiqueOui
N / A80-89188N / ADouxNon
N / A60-6918327AsymptomatiqueNon
N / A80-89Non vaccinéN / ADouxNon
N / A50-5915221,3AsymptomatiqueNon
Na : non applicable ; NA : non disponible.

Les valeurs médianes de Cq aux jours du diagnostic étaient de 19,9 (IQR : 17,8-25,1) et étaient plus faibles pour les individus symptomatiques (médiane : 18,2 ; IQR : 15,7-21,7) que pour les individus asymptomatiques (médiane : 22 ; IQR : 18-28), mais La différence n’était pas statistiquement significative.

Déclaration éthique

Les données cliniques de ce travail provenaient d’une enquête sur une épidémie; ainsi, l’approbation éthique a été levée par le comité d’éthique du centre médical Meir. Les travaux de bioinformatique ont été menés conformément aux directives de la Déclaration d’Helsinki et approuvés par le comité d’examen institutionnel du comité d’examen institutionnel du centre médical Sheba (7045-20-SMC). Le consentement du patient a été annulé car l’étude a utilisé des restes d’échantillons cliniques et l’analyse a utilisé des données cliniques anonymes.

Discussion

Nous avons enquêté sur une épidémie nosocomiale de COVID-19 impliquant la variante SARS-CoV-2 Delta parmi une population hautement vaccinée. Le taux d’attaque chez les personnes exposées a atteint 23,3 % chez les patients et 10,3 % chez le personnel, avec un taux de vaccination de 96,2 % chez les personnes exposées. De plus, plusieurs transmissions se sont probablement produites entre deux personnes portant toutes deux des masques chirurgicaux et, dans un cas, utilisant un EPI complet, notamment un masque N-95, un écran facial, une blouse et des gants.

Dans une publication récente de Bernal et al., l’efficacité de la vaccination complète avec le vaccin Comirnaty contre la variante Delta était élevée, bien qu’inférieure à celle contre la variante Alpha (88% vs 93,7%) [ 9 ]. Ce n’était pas l’expérience en Israël, avec une augmentation rapide des cas depuis juin 2021 malgré un taux de vaccination élevé [ 1 ].

Bien que les rapports d’infections percées soient en augmentation [ 1012], cette communication insiste sur plusieurs points. Il remet en question l’hypothèse selon laquelle des taux de vaccination universels élevés conduiront à une immunité collective et empêcheront les épidémies de COVID-19. C’était probablement vrai pour le virus SARS-CoV-2 de type sauvage, mais dans l’épidémie décrite ici, 96,2 % de la population exposée a été vaccinée. L’infection a progressé rapidement (de nombreux cas sont devenus symptomatiques dans les 2 jours suivant l’exposition) et la charge virale était élevée. Un autre point de vue accepté est que, face à une éventuelle inadéquation entre la variante du SRAS-CoV-2 et le vaccin ou une immunité décroissante, la combinaison du vaccin et du masque facial devrait fournir la protection nécessaire. Bien que certaines transmissions entre les membres du personnel aient pu se produire sans masques, toutes les transmissions entre les patients et le personnel se sont produites entre les individus masqués et vaccinés,comme cela a été le cas lors d’un foyer en Finlande [12 ]. Nous ne pouvons pas exclure que les mesures de protection n’aient pas été mises en œuvre de manière optimale, cependant, la transmissibilité à l’été 2021 diffère de nos expériences des 18 mois précédents. On ne sait pas si cela peut être attribué au faible Cq et à la transmissibilité élevée de la variante Delta. Il est à noter que dans nos cas, en particulier les patients, le délai de vaccination était considérable. L’intervalle le plus court était de 142 jours (5 mois) et bon nombre de nos patients ont évolué vers une maladie grave. Les données d’Israël impliquent que la principale raison de l’augmentation des cas de COVID-19 en été est en effet la diminution de l’immunité, et une troisième dose de vaccin, 5 mois après la deuxième dose, entraînera peut-être un renversement de tendance [ 13 , 14 ].

Conclusion

Cette épidémie nosocomiale illustre la forte transmissibilité de la variante SARS-CoV-2 Delta chez les individus deux fois vaccinés et masqués. Cela suggère une certaine diminution de l’immunité, tout en offrant toujours une protection aux personnes sans comorbidités. Cependant, une troisième dose de vaccin peut être nécessaire, en particulier chez les personnes présentant des facteurs de risque de COVID-19 sévère. L’utilisation appropriée de masques, en particulier dans les milieux à haut risque, est conseillée.

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