Neutralisation inefficace du variant SARS-CoV-2 Mu par les sérums convalescents et vaccinaux

Résumé

Le 30 août 2021, l’OMS a classé la variante SARS-CoV-2 Mu (lignée B.1.621) comme une nouvelle variante d’intérêt. L’OMS définit « l’évaluation comparative des caractéristiques du virus et des risques pour la santé publique » comme une action principale en réponse à l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2. Ici, nous démontrons que la variante Mu est très résistante aux sérums de convalescents COVID-19 et d’individus vaccinés par BNT162b2. La comparaison directe de différentes protéines de pointe du SRAS-CoV-2 a révélé que la pointe Mu est plus résistante à la neutralisation médiée par le sérum que toutes les autres variantes d’intérêt (VOI) et préoccupantes (VOC) actuellement reconnues. Cela inclut la variante bêta (B.1.351) qui a été suggérée pour représenter la variante la plus résistante aux sérums convalescents et vaccinés à ce jour (par exemple, Collier et al, Nature, 2021; Wang et al, Nature, 2021).Étant donné que l’infection percée par de nouvelles variantes émergentes est une préoccupation majeure pendant la pandémie actuelle de COVID-19 (Bergwerk et al., NEJM, 2021), nous pensons que nos résultats sont d’un intérêt important pour la santé publique. Nos résultats permettront de mieux évaluer le risque posé par le variant Mu pour les populations vaccinées, précédemment infectées et naïves.

Texte

Pendant la pandémie actuelle, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), s’est considérablement diversifié. En septembre 2021, l’OMS a défini quatre variantes préoccupantes (VOC), Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P.1) et Delta (lignées B.1.617.2 et AY ), ainsi que cinq variantes d’intérêt (VOI), Eta (B.1.525), Iota (B.1.526), ​​Kappa (B.1.617.1), Lambda (C.37) et Mu (B.1.621) . 1

La variante Mu représente le VOI le plus récemment reconnu. 1 Jusqu’au 30 août 2021, ce VOI était détecté dans 39 pays ( Tableau S1 ). L’épicentre du variant Mu est la Colombie, où il a été isolé pour la première fois le 11 janvier 2021 (GISAID ID : EPI_ISL_1220045 ; figure 1A et tableau S2 ). Ce pays a connu une énorme vague de COVID-19 de mars à août 2021 qui a culminé à 33 594 cas par jour (le 26 juin 2021 ; figure 1A ). Bien que le Gamma COV ait été dominant pendant la phase initiale, le Mu VOI a supplanté toutes les autres variantes, y compris le Gamma COV en mai 2021 et a entraîné l’épidémie en Colombie depuis lors ( Figure 1A ).

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Figure 1. Caractérisation du variant Mu.

( A ) Épidémie de SARS-CoV-2 en Colombie. Les nouveaux cas de COVID-19 par jour (ligne noire, axe des y de gauche) et le pourcentage de différentes variantes du SRAS-CoV-2 se propageant en Colombie (axe des y de droite) sont affichés. La fréquence quotidienne de Gamma (P.1), Delta (B.1.617.2, AY.4, AY.5, AY.12), Lambda (C.37), Mu (B.1.621), et d’autres variantes sont représentés dans les couleurs indiquées. Notez qu’il existe quelques Delta VOC (la variante actuellement la plus dominante dans le monde) et Lambda VOI (une variante se répandant principalement dans les pays d’Amérique du Sud) ont été isolés dans ce pays jusqu’à présent. La date à laquelle la variante Mu a été isolée pour la première fois (11 janvier 2021) est indiquée sur la figure. Les données brutes sont résumées dans le tableau S2 de l’annexe supplémentaire. ( B et C) Essais de neutralisation virale. Un test de neutralisation a été effectué à l’aide de pseudovirus hébergeant les protéines de pointe SARS-CoV-2 des variantes Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon, Lambda, Mu ou le virus parental hébergeant D614G. Huit sérums de convalescence COVID-19 ( B ) et dix sérums d’individus vaccinés par BNT162b2 ( C) ont été testés. Le dosage de chaque sérum a été réalisé en triple pour déterminer le titre de neutralisation à 50 %, et chaque point de données représente le titre de neutralisation à 50 % obtenu avec un échantillon de sérum contre le pseudovirus indiqué. Les graphiques à barres indiquent les titres moyens géométriques avec une confiance de 95 %. Les nombres au-dessus des barres indiquent les titres moyens géométriques. Les nombres au-dessus des barres entre parenthèses (avec « X ») indiquent la moyenne du changement de facteur de résistance à la neutralisation des variantes de pointe indiquées par rapport à celle avec la pointe parentale dans chaque sérum. L’analyse statistique a été réalisée à l’aide du test des rangs signés de Wilcoxon. Les lignes pointillées horizontales indiquent la limite de détection. Les données brutes sont résumées dans les tableaux S6 et S7 de l’annexe supplémentaire.

Les nouvelles variantes émergentes du SRAS-CoV-2 doivent être soigneusement surveillées pour une augmentation potentielle du taux de transmission, de la pathogénicité et/ou de la résistance aux réponses immunitaires. Par exemple, la résistance des COV/VOI à l’immunité humorale provoquée par l’infection naturelle par le SRAS-CoV-2 ou la vaccination peut permettre une propagation significative du virus dans des populations que l’on pensait initialement protégées. 2 La résistance aux sérums de convalescents et de vaccinés COVID-19 peut être attribuée à diverses mutations de la protéine de pointe virale. 2 La majorité des variants Mu hébergent les huit mutations suivantes dans le pic : T95I, YY144-145TSN, R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H et D950N ( tableaux S3 et S4). Ceux-ci incluent des mutations communément identifiées dans les COV : E484K (partagé avec Beta, Gamma), N501Y (partagé avec Alpha), P681H (partagé avec Alpha) et D950N (partagé avec Delta) ( tableau S5 ). Parmi ceux-ci, il a été démontré que le changement E484K réduisait la sensibilité aux anticorps induits par l’infection et la vaccination naturelles par le SRAS-CoV-2. 3 , 4

Pour évaluer la sensibilité du variant Mu aux anticorps induits par l’infection et la vaccination par le SRAS-CoV-2, nous avons généré des pseudovirus hébergeant les protéines de pointe de Mu ou des autres VOC/VOI. Les tests de neutralisation du virus ont révélé que le variant Mu est 12,4 fois plus résistant aux sérums de huit convalescents COVID-19, qui ont été infectés au début de la pandémie (avril-septembre 2020), que le virus parental ( P = 0,0078 ; Figure 1B ) . De plus, le variant Mu était 7,6 fois plus résistant aux sérums obtenus à partir de dix individus vaccinés avec BNT162b2 par rapport au virus parental ( P = 0,0020 ; figure 1C ). Notamment, bien que le Beta COV soit considéré comme la variante la plus résistante à ce jour, 3 , 4Les pseudovirus Mu étaient significativement plus résistants à la neutralisation médiée par le sérum de convalescence que les pseudovirus bêta ( P = 0,031; Figure 1B ). Ainsi, la variante Mu montre une résistance prononcée aux anticorps provoqués par l’infection naturelle par le SRAS-CoV-2 et le vaccin à ARNm BNT162b2. Étant donné que les infections révolutionnaires sont une menace majeure pour les nouvelles variantes émergentes du SRAS-CoV-2, 5 nous suggérons fortement de caractériser et de surveiller davantage la variante Mu.

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