Selon des scientifiques, la variante dominante du Delta “pourrait muter jusqu’à l’extinction”.

Doctor testing with blood test tube from patient infected with Coronavirus Delta variant.
Une équipe d’experts en génétique au Japon a émis l’hypothèse que la chute soudaine du coronavirus est due au fait que Delta a pris soin de sa disparition en mutant.

La variante Delta de Covid peut muter jusqu’à l’auto-extinction et l’a déjà fait dans une partie du monde, selon les scientifiques.

Le Japon enregistre un nombre insignifiant de 140 cas par jour alors qu’il a été envahi par la souche Delta il y a seulement trois mois.

Le Japon a connu sa plus grande vague de Covid à la fin de l’été, avec un pic d’environ 23 000 cas par jour en août.

Mais la vague s’est brusquement arrêtée et s’est presque totalement éteinte, la capitale Tokyo n’ayant enregistré que 16 nouveaux cas vendredi.

Une équipe d’experts en génétique au Japon a émis l’hypothèse que la chute soudaine du coronavirus est due au fait que Delta a pris soin de sa disparition en mutant.

Lorsqu’un virus se réplique, ses gènes subissent des “erreurs de copie” aléatoires qui, au fil du temps, entraînent des changements dans la composition du virus.

Les mutations peuvent rendre le virus plus apte à se propager, à échapper à l’immunité ou à provoquer une maladie grave.

Mais dans certains cas, ces mutations deviennent des “impasses évolutives”, selon les experts.

Les chercheurs dirigés par l’Institut national de génétique de Mishima, au Japon, se sont concentrés sur l’enzyme correctrice d’erreurs du virus Delta, appelée nsp14.

Ici, ils ont trouvé de nombreux changements génétiques, puis un arrêt soudain du processus d’évolution.

Tokyo, Japan, February 04, 2020 - Pedestrians wearing surgical mask to prevent infectious deseases walk along the luxury area of Ginza. Japan has confrimed coronavirus infections cases in the country.
Des piétons portant un masque chirurgical pour prévenir les maladies infectieuses marchent dans le quartier de luxe de Ginza. Japon .

Ituro Inoue, professeur de génétique à l’institut, a déclaré que le virus a lutté pour réparer les erreurs et continuer à se répliquer.

Il a finalement provoqué sa propre “autodestruction”, a déclaré le professeur Inoue au Japan Times.

“Nous avons été littéralement choqués de voir ces résultats”, a déclaré le professeur Inoue.

“Le variant Delta au Japon était hautement transmissible et empêchait les autres variants d’entrer.

“Mais au fur et à mesure que les mutations s’accumulaient, nous pensons qu’il est devenu un virus défectueux, incapable de se reproduire.

“Étant donné que les cas n’ont pas augmenté, nous pensons qu’à un moment donné, au cours de ces mutations, il s’est dirigé tout droit vers son extinction naturelle.”

Le professeur Inoue a déclaré que le virus se propagerait encore si Delta était “vivant et bien portant”.

La souche Covid, hautement infectieuse, a donné naissance à un certain nombre d'”enfants” – appelés scientifiquement lignées – qui partagent des caractéristiques similaires.

Il s’agit du type de coronavirus le plus répandu dans le monde, et on pense qu’il a d’abord semé le chaos en Inde à la fin de 2020.

Delta était déjà beaucoup plus transmissible que la souche chinoise originale “Wuhan” du virus de la fin 2019.

Et d’autres variations de Delta se sont avérées causer moins de symptômes, porter des mutations échappant au système immunitaire ou se propager encore plus rapidement.

Après la domination mondiale, le Dr Simon Clarke, chef de la division des sciences biomédicales et du génie biomédical de l’université de Reading, a expliqué métaphoriquement comment Delta pourrait s’éteindre.

Il a déclaré au Sun : “Le virus accumule trop de mutations et cesse donc d’être capable de se répliquer.

“Quand on a un virus comme ça, il s’éteint tout simplement. C’est comme une personne qui n’a jamais eu d’enfants, son matériel génétique s’arrête, fin de la route.

“Cela ne signifie pas que tout le monde arrête de produire des enfants.”

Selon le Dr Clarke, c’est probablement ce qui s’est passé avec le SRAS – un autre type de coronavirus qui a provoqué deux épidémies en Asie au début des années 2000.

L’équipe japonaise a en effet constaté que lorsqu’elle provoquait des mutations dans la partie nsp14 du virus du SRAS, aujourd’hui disparu, celui-ci ne pouvait plus se répliquer à mesure que les mutations s’accumulaient.

Le Dr Clarke a déclaré : “Il est possible que la souche cesse d’évoluer, mais seulement lorsqu’elle cesse de se répliquer, ce que ces scientifiques japonais pensent avoir fait – un virus a évolué pour cesser de se répliquer.

“Il faut briser d’une manière ou d’une autre les chaînes de transmission et certaines mutations rendent le virus non viable – elles deviennent des impasses évolutives.

“Cependant, cela ne se produira que dans un très petit sous-ensemble de cas.

A senior adult man is getting vaccinated in a doctor's office.
La chute inattendue du nombre de cas au Japon a fait couler beaucoup d’encre. Certains experts affirment qu’il s’agit de vaccins, plus de 75 % des Japonais ayant reçu un double vaccin.

“Il y aura encore beaucoup de coronavirus capables d’infecter les gens et qui le feront jusqu’à ce que nous ayons une immunité suffisante ou que nous puissions briser les chaînes de transmission, ce qui s’est produit avec le SRAS parce qu’il n’était pas aussi bon pour la transmission que le Covid-19.”

La chute inattendue du nombre de cas au Japon a fait couler beaucoup d’encre.

D’autres experts affirment que ce sont les vaccins, avec plus de 75 % des Japonais ayant reçu un double vaccin, et les masques faciaux qui ont réussi à supprimer le virus.

Le Dr Clarke a déclaré : “Je trouve qu’il est incroyablement difficile de croire que tout le Covid-19 au Japon a simultanément et plus ou moins à l’unisson, évolué pour devenir une impasse, cela semble être une suggestion bizarre.

“Il semble beaucoup plus probable que l’immunité partielle et les mesures de santé publique prises par les Japonais ont fait baisser le nombre d’infections.

“Cela ne signifie évidemment pas qu’ils resteront bas, comme nous l’avons constaté dans le monde entier”.

Le professeur Inoue a admis que sans la variante Delta, rien ne permettait de tenir en échec les nouvelles variantes au Japon.

Pour l’heure, l’expert estime qu’il est encore trop optimiste de croire que le virus Covid connaîtra un déclin similaire au niveau mondial, comme il l’a fait au Japon.

“Les chances ne sont pas nulles, mais cela semble trop optimiste pour le moment”, a-t-il déclaré.

Cette histoire a été publiée à l’origine sur The Sun et a été reproduite ici avec la permission de l’auteur.

Traduction de l’article :

Voir aussi :

The Japan Times

Qu’est-ce qui se cache derrière la disparition rapide de la variante delta au Japon ? Ça pourrait être l’auto-extinction.

Pedestrians at a crossing in a shopping area of Shibuya Ward, Tokyo, on Aug. 7. | REUTERS
Des piétons à un croisement dans une zone commerciale de Shibuya Ward, Tokyo, le 7 août. | REUTERS

Pourquoi la cinquième et plus importante vague de la pandémie de coronavirus au Japon, alimentée par la variante delta supercontagieuse, s’est-elle brusquement arrêtée après une augmentation apparemment ininterrompue des nouvelles infections ? Et qu’est-ce qui a rendu le Japon différent des autres pays développés qui connaissent aujourd’hui une nouvelle vague de nouveaux cas ?

D’après un groupe de chercheurs, la réponse surprenante pourrait être que la variante delta a pris soin d’elle-même dans un acte d'”auto-extinction”.

Trois mois après que la variante delta ait entraîné un nombre record de cas quotidiens à l’échelle nationale (près de 26 000), les nouvelles infections au COVID-19 au Japon ont chuté, passant sous la barre des 200 ces dernières semaines. Cette baisse a été soulignée par le fait qu’aucun décès n’a été signalé le 7 novembre, ce qui n’était plus arrivé depuis environ 15 mois.

De nombreux spécialistes évoquent diverses possibilités, dont l’un des taux de vaccination les plus élevés parmi les pays avancés, avec 75,7 % des habitants entièrement vaccinés à la date de mercredi. D’autres facteurs potentiels sont les mesures de distanciation sociale et de port de masque qui sont désormais profondément ancrées dans la société japonaise.

Mais la principale raison pourrait être liée aux modifications génétiques que le coronavirus subit pendant la reproduction, au rythme d’environ deux mutations par mois. Selon une théorie potentiellement révolutionnaire proposée par Ituro Inoue, professeur à l’Institut national de génétique, la variante delta au Japon a accumulé trop de mutations au niveau de la protéine non structurelle de correction des erreurs du virus, appelée nsp14. En conséquence, le virus a eu du mal à réparer les erreurs à temps, ce qui a conduit à son “autodestruction”.

Des études ont montré que les Asiatiques sont plus nombreux que les Européens et les Africains à posséder une enzyme de défense appelée APOBEC3A qui attaque les virus à ARN, notamment le virus SRAS-CoV-2 responsable de la COVID-19.

Les chercheurs de l’Institut national de génétique et de l’Université de Niigata ont donc entrepris de découvrir comment la protéine APOBEC3A affecte la protéine nsp14 et si elle peut inhiber l’activité du coronavirus. L’équipe a effectué une analyse des données sur la diversité génétique des variants alpha et delta à partir de spécimens cliniques infectés au Japon entre juin et octobre.

Ils ont ensuite visualisé les relations entre les séquences d’ADN du virus SRAS-CoV-2 pour montrer la diversité génétique dans un diagramme appelé réseau d’haplotypes. En général, plus le réseau est grand, plus il représente de cas positifs.

The Minami district of Osaka in Oct. 25. | KYODO
Le quartier de Minami à Osaka le 25 octobre. | KYODO

Le réseau de la variante alpha, qui a été le principal moteur de la quatrième vague de mars à juin au Japon, comportait cinq groupes principaux avec de nombreuses mutations en dérivation, ce qui confirme un niveau élevé de diversité génétique. Les chercheurs pensaient que la variante delta, qui, selon les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies, est deux fois plus contagieuse que les variantes précédentes et pourrait provoquer une maladie plus grave chez les personnes non vaccinées, présenterait une diversité génétique beaucoup plus dynamique.

Étonnamment, ils ont constaté que c’était le contraire. Le réseau d’haplotypes ne comportait que deux grands groupes et les mutations semblaient s’arrêter brutalement au milieu de son processus de développement évolutif. Lorsque les chercheurs ont ensuite examiné l’enzyme nsp14, qui corrige les erreurs du virus, ils ont découvert que la grande majorité des spécimens nsp14 au Japon semblait avoir subi de nombreux changements génétiques dans des sites de mutation appelés A394V.

“Nous avons été littéralement choqués de voir ces résultats”, a déclaré Inoue au Japan Times. “Le variant delta au Japon était hautement transmissible et empêchait les autres variants d’entrer. Mais au fur et à mesure que les mutations s’accumulaient, nous pensons qu’il est devenu un virus défectueux et qu’il n’a pas pu faire de copies de lui-même. Étant donné que les cas n’ont pas augmenté, nous pensons qu’à un moment donné, au cours de ces mutations, il s’est dirigé tout droit vers son extinction naturelle.”

La théorie d’Inoue, bien que novatrice, apporterait un soutien à la mystérieuse disparition de la propagation de la variante delta au Japon. Alors qu’une grande partie du reste du monde où les taux de vaccination sont aussi élevés, y compris la Corée du Sud et certains pays occidentaux, souffre de vagues record de nouvelles infections, le Japon semble être un cas particulier dans la mesure où les cas de COVID-19 sont restés modérés malgré le fait que les trains et les restaurants se soient remplis après la fin de l’état d’urgence le plus récent.

“Si le virus était vivant et se portait bien, les cas augmenteraient à coup sûr, car le masquage et la vaccination n’empêchent pas les infections de percer dans certains cas”, a déclaré M. Inoue.

Ituro Inoue, a professor at the National Institute of Genetics | THE NATIONAL INSTITUTE OF GENETICS
Ituro Inoue, professeur à l’Institut national de génétique | L’INSTITUT NATIONAL DE GÉNÉTIQUE

En effet, le plongeon inattendu du nombre de nouveaux cas après la vague estivale a été un sujet de discussion brûlant parmi de nombreux experts, y compris ceux qui ne mènent pas d’études sur le coronavirus, selon Takeshi Urano, professeur à la faculté de médecine de l’université de Shimane, qui n’a pas participé aux recherches menées par Inoue.

“La protéine Nsp14 travaille avec d’autres protéines virales et a une fonction essentielle pour protéger l’ARN du virus de la désintégration”, a-t-il déclaré lorsqu’on l’a interrogé sur les conclusions d’Inoue. “Des études ont montré qu’un virus dont la protéine nsp14 est paralysée a une capacité de réplication considérablement réduite, ce qui peut donc être un facteur expliquant le déclin rapide des nouveaux cas”. La nsp14 est dérivée du virus, et l’agent chimique permettant de freiner cette protéine pourrait devenir un médicament prometteur, dont le développement est déjà en cours.”

Le Japon semble être une anomalie dans la mesure où la variante delta a pratiquement exclu la variante alpha et les autres variantes à la fin août. En revanche, d’autres pays – dont l’Inde et l’Indonésie, tous deux particulièrement touchés par la variante delta – ont signalé un mélange de souches alpha et delta parmi les cas.

Selon M. Inoue, une extinction naturelle similaire du coronavirus pourrait être observée à l’étranger, ajoutant qu’il serait difficile de la détecter, car aucun autre pays ne semble avoir accumulé autant de mutations dans le site nsp14 du virus qu’au Japon, bien que des mutations similaires au site A394V aient été découvertes dans au moins 24 pays.

Pedestrians pass bars on a street at night in the Shimbashi district of Tokyo on Oct. 29. | BLOOMBERG
Des piétons passent devant des bars dans une rue de nuit dans le quartier de Shimbashi à Tokyo, le 29 octobre. | BLOOMBERG

Mais la théorie d’Inoue pourrait également contribuer à expliquer pourquoi l’épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) s’est arrêtée brusquement en 2003. Une expérience in vitro au cours de laquelle les chercheurs ont provoqué des mutations dans la protéine nsp14 du virus à l’origine du SRAS a permis de constater que le virus a fini par ne plus pouvoir se répliquer à mesure que les mutations s’accumulaient.

“Il n’existe aucune donnée sur le génome, ce n’est donc qu’une hypothèse, mais comme elle a disparu, elle ne verra plus jamais le jour”, a-t-il déclaré.

Quelles sont donc les chances que nous assistions à une extinction naturelle similaire outre-mer du virus du SRAS-CoV-2 causant le COVID-19 ?

“Les chances ne sont pas nulles, mais cela semble trop optimiste pour l’instant car nous ne sommes pas en mesure de mettre la main sur de telles preuves, bien que nous ayons examiné diverses données d’autres pays”, a-t-il déclaré.

Après avoir atteint un pic à la mi-août, le nombre de cas quotidiens de COVID-19 au Japon a continué à baisser pour passer sous la barre des 5 000 à la mi-septembre et des 200 à la fin octobre. Le pays connaît depuis un certain temps l’un des taux d’infection les plus faibles de tous les pays avancés, mais il n’est pas à l’abri de la prochaine vague de la pandémie, selon M. Inoue.

A junior high school student is vaccinated in Saitama on Oct. 7. | KYODO
Un élève du collège se fait vacciner à Saitama le 7 octobre. | KYODO

“Il y a clairement une menace”, a-t-il déclaré. “Nous nous en sommes sortis parce qu’il y avait une variante delta. D’autres variantes se sont introduites petit à petit, mais le delta du Japon les tenait à l’écart. Mais comme il n’y a plus rien pour les tenir à distance, il y a de la place pour l’entrée de nouvelles variantes, car les vaccins ne suffisent pas à résoudre le problème. En ce sens, je pense que les mesures de quarantaine pour le contrôle de l’immigration sont très importantes, car nous ne savons jamais ce qui arrive des pays étrangers.”

Certaines personnes peuvent se demander si l’auto-extinction de la variante delta au Japon a été causée par quelque chose de spécial dans le patrimoine génétique des Japonais, mais Inoue n’est pas d’accord.

“Je ne le pense pas”, a-t-il déclaré. “Les peuples d’Asie de l’Est, comme les Coréens, sont ethniquement les mêmes que les Japonais. Mais je ne sais pas pourquoi cette observation a été faite au Japon.”

Inoue a déclaré que l’équipe de chercheurs de l’Institut national de génétique et de l’Université de Niigata prévoit de compiler une étude sur leurs résultats d’ici la fin du mois de novembre.

People drink at a bar in Saitama on Oct. 25. | KYODO
Des personnes boivent dans un bar à Saitama le 25 octobre. | KYODO

Traduction de l’article :

2 réflexions sur “Selon des scientifiques, la variante dominante du Delta “pourrait muter jusqu’à l’extinction”.

  • 24/11/2021 à 14:29
    Permalien

    Ceci est un crash boursier pour big-pharma.Je n’ai aucune prétention scientifique,juste de l’expérience et le bon sens commun.Des que les autoritées ont commencé de parler de lookdown et surtout de bannir les médicaments antiviraux efficaces ,il était évident pour moi que ceci est la meilleure facon de protéger le virus,car si vous enfermer le monde un certain temps et qu’ils ressortent plus tard,le virus trouve toujours de nouveaux hotes.Sinon il y a longtemps qu’il aurait muté plusieurs fois,et disparu comme chaque grippe annuelle.Ce qui se passe au Japon est probablement tres logique.La nature a sa propre voie,et ceux qui veulent répandre la peur,faire de l’argent et du contole ont la leur.

    Répondre
  • 25/11/2021 à 00:39
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    Bizarrement, ils ne parlent pas de l’Ivermectine. A priori elle serait utilisée là-bas depuis l’été, d’après ce que je lis à droite à gauche. Bizarrement, cette molécule empêche la réplication virale, tiens donc !!!

    Répondre

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